Geležinkelių transporto katedra pradėjo savo veiklą 1994 m. rugsėjo 1 d. Katedros įkūrėjas ir pirmasis vedėjas buvo prof. habil. dr. Leonas Povilas Lingaitis. Nuo 1998 m. iki 2001 m. katedrai vadovavo doc. dr. Rimantas Subačius. Nuo 2001 m. iki šiol katedrai vadovauja prof. L. P. Lingaitis.

Didelį indėlį į katedros veiklą ir studentų mokymą yra palikę tokie dėstytojai, kaip doc. dr. Juozapas Mindaugas Nemira (1994-2002 m.), dėstęs studentams Termodinamiką ir šilumokaitą, Šilumos ir masės mainus bei daug prisidėjęs prie naujų mokymo programų kūrimo; puikus geležinkelio transporto specialistas asist. Algirdas Kliorė (1997-2002 m.), studentams dėstęs Geležinkelio eismo saugą; prof. habil. dr. Leonidas Sakalauskas (1997-2002 m.), magistrantams dėstęs Masinio aptarnavimo teoriją; dr. Alfonsas Katkus(1996-2002 m.), bakalaurams dėstęs Transporto konstrukcines ir eksploatacines medžiagas.

Pirmasis Geležinkelių transporto mokomosios laboratorijos vedėjas buvo Jonas Mulevičius (1994-1996 m.), nuo 1996 m. laboratorijos vedėju dirba inž. Antanas Kundelis.

Per penkiolika metų katedra išleido 344 bakalaurus, 32 diplomuotus inžinierius ir 159 magistrus. Apgintos dvi daktaro disertacijos.

Geležinkelių transporto inžinerijos programą studijuojantiems studentams organizuojami susitikimai su AB „Lietuvos geležinkeliai“ atstovais, taip pat su šią studijų programą baigusiais ir AB „Lietuvos geležinkeliai“ dirbančiais absolventais apie būsimos karjeros galimybes. III kurso studentai gamybinę praktiką atlieka Lietuvos geležinkeliams priklausančiose įmonėse, kur jie ieško medžiagos ir pasirenka būsimojo baigiamojo darbo temą. Studentams priskirti praktikos vadovai gamybininkai suteikia medžiagą ir konsultuoja tiek praktikos, tiek būsimojo baigiamojo darbo klausimais.

Studentų praktiniams sugebėjimams ugdyti organizuojami laboratoriniai darbai vyksta Vilniaus lokomotyvų depe. Geležinkelių transporto laboratorijos kompiuterių klasėje studentai prognozuoja geležinkelių transporto energetikos rodiklius, tobulina jų prognozavimo metodikas, optimizuoja eismo organizavimo sistemas, optimizuoja lokomotyvų brigadų sudarymo tvarką.

Bakalaurų ir inžinierių kvalifikacinio laipsnio suteikimo komisijoms nuo 1995 m. skirtingais laikotarpiais pirmininkavo AB „Lietuvos geležinkeliai“ Lokomotyvų remonto depo viršininkas Silistinas Razgus, AB „Lietuvos geležinkeliai“ Krovinių vežimo valdybos Riedmenų skyriaus viršininkas Virgilijus Jastremskas. Šiuo metu pirmininkauja AB „Lietuvos geležinkeliai“ Techninės plėtros tarnybos vyriausiasis specialistas-konsultantas Alfredas Zubkevičius. Magistro kvalifikacinio laipsnio suteikimo komisijai vadovauja AB „Lietuvos geležinkeliai“ Techninės plėtros tarnybos Techninės sąveikos skyriaus viršininkas Mindaugas Juraška.